微波萃取自動化平臺的萃取技能起步較微波消解技能晚，還處于初始階段。微波消解使用得到充沛驗證以后，1986年將微波技能使用于有機化合物萃取，將樣品放于一般家用微波爐中，經過功率/時刻形式激發微波，幾分鐘就能萃取得到了傳統加熱需求幾個小時甚至十幾個小時才能得到的剖析物。
微波萃取自動化平臺的微波是指頻率為300到300000MHz的電磁波，介于紅外線和無線電波之間。民用微波頻率一般采用2450MHz，所對應能量大約為0.96J/mol，能級歸于范德華力(分子間作用力)的領域，與化合物鍵能相差甚遠。USEPA經過對17種稠環芳香碳氫化合物、14種苯酚類化合物、8種堿性、中性化合物以及20種有機農藥的研討認證了微波萃取法不會破壞任何被測剖析物的分子結構。
微波萃取自動化平臺進行環境剖析關鍵的步驟之一就是樣品的預處理，即從收集到的環境樣品基體中(如廢水、土壤、植物、食物、飼料等)提取出待測剖析組分。多年來人們一直在探究速度快、消耗少、功率高且重復性好的提取辦法，從傳統的溶劑振動萃取、索氏提取、超聲提取到新近發展起來的快速溶劑萃取和超臨界萃取，這些技能因為本錢和功率等問題，在使用中都存在了一定的局限性，而微波萃取技能則改進了這一點。
土壤和沉積物樣品含有大量有必要被剖析的有害物質，也是環境監測中*的重要內容。但土壤中殘留有機污染物的提取一直是剖析工作的薄弱環節，主要原因是大多數有機物，特別是農藥與土壤有較強的耦合。在實驗室中，剖析人員試著將這些有害物質如殺蟲劑從固體中萃取出來，烴類污染物如總石油烴(TPHs)，多環芳烴(PAHs)，多氯聯苯(PCBs)，含氯殺蟲劑以及含氮或含磷的化合物是土壤和沉積物中最常被測定為污染物的物質。
